из-за перемычки тормозов быть не должно, сата 1 это 150 мегов в секунду, а твой террабайтник где-то 100мегов всего даст скорость чтения с пластины, видимо какая то несовместимость жесткого с контроллером сата, даже с учетом перемычки. ЭТо виа чипсет, про виа писали еще когда появился сата 2 что он не совместим с сата 2, и что может помочь только перемычка на жестком диске да и то не всегда.
в общем нужна новая материнка?