Не нужно там ничего шлифовать... Желательно острые кромки снять, фаски слегонца навести, даже не фаски, а просто притупить кромки, чтобы самому не порезаться при сборке, да и в процессе эксплуатации отрый угол не будет прорезать шов... Склееный аквариум должен гулять, поэтому важно выдержать геометрию торца стекла и толщину шва, иначе соприкаснется стекло о стекло и лопнет. Под склейку силиконом не шлифуют и не матируют !!! Нужно лишь хорошенько обезжирить ацетоном и подготовить поверхность...
Стекла прекрасно режутся обычным стеклорезом в мастерской на Шмидта, или как она там, ну вы понели где, между Проспектом и Лопатина...

Нужно лишь высчитать размеры и попросить мастера соблюсти допуск при резке...